QFB. Rodrigo Galindo, por su asesoria y apoyo en la realizacion de este proyecto.
Lic. Julieta Perusquia por apoyarnos a desarrollar nuestras habilidades oratorias.
lunes, 23 de noviembre de 2009
RESULTADOS
Ligante Energía total Log P
X1 - X2 Cl -6.4 Kcal/mol 0.92
X1Cl - X2 Cl -6.1 Kcal/mol 1.65
X1 Br- X2 -5.8 Kcal/mol 1.42
X1 - X2 Cl -6.4 Kcal/mol 0.92
X1Cl - X2 Cl -6.1 Kcal/mol 1.65
X1 Br- X2 -5.8 Kcal/mol 1.42
Acoplamiento Molecular (DOCKING)
Es una técnica que predice la orientación que seguirán dos moléculas cuando se unan mutuamente para formar un complejo estable. Esta técnica se integra una serie de programas de química computacional específicos que calculan correctamente los parámetros necesarios para el acoplamiento, es decir, como la optimización de la geometría exacta del ligado, la minimización de la energía, calculo de carga, calculo de acoplamiento y proteína- ligando en una representación.
METODOLOGIA
Nuestra experimentación teórica se organiza en tres módulos:
1. Nuestra proteína que en este caso fue RNA polimerasa del virus de influenza humada AH1N1, que se descargo de Protein Data Bank (http://www.rcsb.org/)
2. Nuestro Ligante para el acoplamiento que en este caso fue un inhibidor de polimerasa RNA L-742, 001 con tres halógenos diferentes escogidos por su electronegatividad (F, Cl, Br) Utilizamos un pH neutro y delimitamos una zona especifica en la cual el acoplamiento fue realizado.
3. Analizamos nuestros resultados de 14 ligados que unimos con RNA polimerasa, graficamos resultados, y tabulamos total intermol energy, log p y mopak energy.
1. Nuestra proteína que en este caso fue RNA polimerasa del virus de influenza humada AH1N1, que se descargo de Protein Data Bank (http://www.rcsb.org/)
2. Nuestro Ligante para el acoplamiento que en este caso fue un inhibidor de polimerasa RNA L-742, 001 con tres halógenos diferentes escogidos por su electronegatividad (F, Cl, Br) Utilizamos un pH neutro y delimitamos una zona especifica en la cual el acoplamiento fue realizado.
3. Analizamos nuestros resultados de 14 ligados que unimos con RNA polimerasa, graficamos resultados, y tabulamos total intermol energy, log p y mopak energy.
RESUMEN
Introduciendo la técnica de acoplamiento molecular (docking) en nuestra experimentación teórica, acoplamos el inhibidor RNA- L 742,001 con la enzima RNA polimerasa del virus de la influenza humana.
Se le agrego Flúor, Cloro y Bromo a nuestro inhibidor, en diversas combinaciones para encontrar el sitio más energéticamente estable.
Nuestra experimentación teórica arrojo que el inhibidor que presentaba Cloro y Bromo, fueron más estables, en conocimiento de eso poder generar posibles fármacos inhibidores de la enzima RNA polimerasa del virus de la influenza humana.
Se le agrego Flúor, Cloro y Bromo a nuestro inhibidor, en diversas combinaciones para encontrar el sitio más energéticamente estable.
Nuestra experimentación teórica arrojo que el inhibidor que presentaba Cloro y Bromo, fueron más estables, en conocimiento de eso poder generar posibles fármacos inhibidores de la enzima RNA polimerasa del virus de la influenza humana.
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