CRONOGRAMA INFLUENZA HUMANA A H1N1
Viernes 4 de Septiembre, 2009. Entrega de cronograma, justificación y objetivo
Viernes 18 de Septiembre, 2009. ¿Qué es el virus de la influenza? Tipos y Clasificación
Viernes 25 de Septiembre, 2009 ¿Por qué H y porque N? ¿Por qué representa una epidemia? ¿Principales precauciones?
Viernes 2 de Octubre, 2009. ¿Qué medicamentos inactivan el virus A (H1N1)? ¿Cómo funcionan? ¿Cómo están conformados? ¿En parte de la estructura molecular actúan? ¿Qué función tiene el ARN polimerasa en el virus A (H1N1)?
Viernes 9 de Octubre, 2009 Investigación de 5 enzimas candidatas para inactivación del virus A (H1N1); Investigación de desarrollo de vacunas y reproducción del virus A (H1N1). Inmunología del virus A(H1N1)
Viernes 16 de Octubre, 2009 ¿Qué es el Docking y cómo funciona? Ejecución y experimentación con las 5 enzimas candidatas para la inactivación del virus A (H1N1). Elaboración de 5 fármacos que inactivaran el virus A (H1N1) .
Viernes 30 de Octubre, 2009 Investigación de los cinco fármacos ; Análisis y discusión de resultados de la posible inactivación del virus A(H1N1)
Viernes 13 de Noviembre, 2009 Entrega de la presentación en PowerPoint
jueves, 3 de diciembre de 2009
lunes, 23 de noviembre de 2009
AGRADECIMIENTOS
QFB. Rodrigo Galindo, por su asesoria y apoyo en la realizacion de este proyecto.
Lic. Julieta Perusquia por apoyarnos a desarrollar nuestras habilidades oratorias.
Lic. Julieta Perusquia por apoyarnos a desarrollar nuestras habilidades oratorias.
RESULTADOS
Ligante Energía total Log P
X1 - X2 Cl -6.4 Kcal/mol 0.92
X1Cl - X2 Cl -6.1 Kcal/mol 1.65
X1 Br- X2 -5.8 Kcal/mol 1.42
X1 - X2 Cl -6.4 Kcal/mol 0.92
X1Cl - X2 Cl -6.1 Kcal/mol 1.65
X1 Br- X2 -5.8 Kcal/mol 1.42
Acoplamiento Molecular (DOCKING)
Es una técnica que predice la orientación que seguirán dos moléculas cuando se unan mutuamente para formar un complejo estable. Esta técnica se integra una serie de programas de química computacional específicos que calculan correctamente los parámetros necesarios para el acoplamiento, es decir, como la optimización de la geometría exacta del ligado, la minimización de la energía, calculo de carga, calculo de acoplamiento y proteína- ligando en una representación.
METODOLOGIA
Nuestra experimentación teórica se organiza en tres módulos:
1. Nuestra proteína que en este caso fue RNA polimerasa del virus de influenza humada AH1N1, que se descargo de Protein Data Bank (http://www.rcsb.org/)
2. Nuestro Ligante para el acoplamiento que en este caso fue un inhibidor de polimerasa RNA L-742, 001 con tres halógenos diferentes escogidos por su electronegatividad (F, Cl, Br) Utilizamos un pH neutro y delimitamos una zona especifica en la cual el acoplamiento fue realizado.
3. Analizamos nuestros resultados de 14 ligados que unimos con RNA polimerasa, graficamos resultados, y tabulamos total intermol energy, log p y mopak energy.
1. Nuestra proteína que en este caso fue RNA polimerasa del virus de influenza humada AH1N1, que se descargo de Protein Data Bank (http://www.rcsb.org/)
2. Nuestro Ligante para el acoplamiento que en este caso fue un inhibidor de polimerasa RNA L-742, 001 con tres halógenos diferentes escogidos por su electronegatividad (F, Cl, Br) Utilizamos un pH neutro y delimitamos una zona especifica en la cual el acoplamiento fue realizado.
3. Analizamos nuestros resultados de 14 ligados que unimos con RNA polimerasa, graficamos resultados, y tabulamos total intermol energy, log p y mopak energy.
RESUMEN
Introduciendo la técnica de acoplamiento molecular (docking) en nuestra experimentación teórica, acoplamos el inhibidor RNA- L 742,001 con la enzima RNA polimerasa del virus de la influenza humana.
Se le agrego Flúor, Cloro y Bromo a nuestro inhibidor, en diversas combinaciones para encontrar el sitio más energéticamente estable.
Nuestra experimentación teórica arrojo que el inhibidor que presentaba Cloro y Bromo, fueron más estables, en conocimiento de eso poder generar posibles fármacos inhibidores de la enzima RNA polimerasa del virus de la influenza humana.
Se le agrego Flúor, Cloro y Bromo a nuestro inhibidor, en diversas combinaciones para encontrar el sitio más energéticamente estable.
Nuestra experimentación teórica arrojo que el inhibidor que presentaba Cloro y Bromo, fueron más estables, en conocimiento de eso poder generar posibles fármacos inhibidores de la enzima RNA polimerasa del virus de la influenza humana.
miércoles, 21 de octubre de 2009
La puntuación para las funciones de acoplamiento
En los campos de la química computacional y modelización molecular, anotando las funciones son rápidos aproximados métodos matemáticos utilizados para predecir la fuerza de la no interacción covalente (también conocida como la afinidad de unión) entre dos moléculas después de haber sido atracado. Más comúnmente una de las moléculas es un compuesto orgánico pequeño como una y el segundo objetivo biológico de la droga como un drogareceptor de proteína. las funciones de puntuación también se han desarrollado para predecir la fuerza de otros tipos de interacciones intermoleculares, por ejemplo, entre dos proteínas o entre proteínas y ADN.
Utilidad
Funciones de puntuación se usan ampliamente en el descubrimiento de fármacos y otras aplicaciones de modelización molecular. Estos incluyen:
Proyección virtual de bases de datos de moléculas pequeñas ligadas a candidatos para identificar nuevas moléculas pequeñas que se unen a una proteína objetivo de interés y por lo tanto son útiles a puntos de partida para el descubrimiento de medicamentos
De diseño (diseño "desde cero") de nuevas moléculas pequeñas que se unen a una proteína objetivo.
Mejorar la optimización de la detección golpe, para optimizar su afinidad y selectividad
Un potencialmente y más fiables, pero mucho más exigentes computacionalmente alternativa a la calificación y funciones con los cálculos de perturbación de energía libre.
Utilidad
Funciones de puntuación se usan ampliamente en el descubrimiento de fármacos y otras aplicaciones de modelización molecular. Estos incluyen:
Proyección virtual de bases de datos de moléculas pequeñas ligadas a candidatos para identificar nuevas moléculas pequeñas que se unen a una proteína objetivo de interés y por lo tanto son útiles a puntos de partida para el descubrimiento de medicamentos
De diseño (diseño "desde cero") de nuevas moléculas pequeñas que se unen a una proteína objetivo.
Mejorar la optimización de la detección golpe, para optimizar su afinidad y selectividad
Un potencialmente y más fiables, pero mucho más exigentes computacionalmente alternativa a la calificación y funciones con los cálculos de perturbación de energía libre.
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